ফ্লুরোরাসিল প্রাথমিকভাবে ইন্ট্রাভেনাস ইনজেকশনের মাধ্যমে বোলাস হিসেবে অথবা বিরতিহীন ইন্ট্রাভেনাস ইনফিউশনের মাধ্যমে প্রয়োগ করা হয়, যা প্রায়শই দীর্ঘস্থায়ী ব্যবহারের জন্য কেন্দ্রীয় ভেনাস ক্যাথেটার বা বহনযোগ্য পাম্পের সাহায্যে দেওয়া হয়। নির্দিষ্ট কিছু স্থানীয় ম্যালিগন্যান্সির ক্ষেত্রে এটি ইন্ট্রা-আর্টারিয়াল ইনফিউশনের মাধ্যমেও দেওয়া যেতে পারে। চিকিৎসা শুরু করার আগে রোগীদের ডাইহাইড্রোপাইরিমিডিন ডিহাইড্রোজেনেস (DPD) এনজাইমের অভাব আছে কিনা তা জানার জন্য জেনেটিক পরীক্ষা করা উচিত, কারণ এর সম্পূর্ণ অভাব থাকলে এই ওষুধ ব্যবহার নিষিদ্ধ এবং আংশিক অভাব থাকলে ডোজ উল্লেখযোগ্যভাবে কমানোর প্রয়োজন হয়। বোলাস পদ্ধতিতে প্রয়োগের ক্ষেত্রে স্টোমাটাইটিস কমাতে ৩০ মিনিটের ওরাল ক্রায়োথেরাপি (বরফ থেরাপি) দেওয়ার পরামর্শ দেওয়া হয়। লিভার বা কিডনির সমস্যা, পুষ্টির অভাব বা সাম্প্রতিক বড় কোনো অস্ত্রোপচার হওয়া রোগীদের ক্ষেত্রে ডোজ সমন্বয় করা আবশ্যক। প্রতিদিন রক্তকণিকার মাত্রা পর্যবেক্ষণ করা জরুরি এবং গ্যাস্ট্রোইনটেস্টাইনাল বা রক্তসংক্রান্ত গুরুতর বিষক্রিয়ার লক্ষণ দেখা দিলে অবিলম্বে চিকিৎসা বন্ধ করতে হবে। চর্মরোগের জন্য এর টপিকাল ফর্মুলেশন দিনে দুবার ব্যবহার করা হয়, তবে এটি কোনোভাবেই শ্লেষ্মাঝিল্লি (mucous membranes) বা স্তন্যদানকারী মায়েদের স্তনের সংস্পর্শে আসা উচিত নয়।