ফ্লুক্লোক্সাসিলিন মুখে, শিরার মাধ্যমে বা মাংসপেশিতে প্রয়োগ করা হয়। ওষুধটির যথাযথ শোষণ নিশ্চিত করতে খাবার গ্রহণের অন্তত এক ঘণ্টা আগে বা দুই ঘণ্টা পরে খালি পেটে সেবন করা উচিত। ওরাল ক্যাপসুলগুলো এক গ্লাস পানি দিয়ে চিবানো ছাড়া গিলে ফেলতে হবে এবং খাদ্যনালীর জ্বালাপোড়া রোধ করতে সেবনের পর অন্তত ৩০ মিনিট সোজা হয়ে (বসে বা দাঁড়িয়ে) থাকতে হবে। ইনজেকশনের ক্ষেত্রে, ইনজেকশন গ্রেড পানি দিয়ে মিশ্রিত করে তিন থেকে চার মিনিট ধরে ধীরে ধীরে সরাসরি শিরায় অথবা ২০ থেকে ৩০ মিনিট ধরে ইনট্রাভেনাস ইনফিউশনের মাধ্যমে প্রয়োগ করতে হবে। গুরুতর কিডনি সমস্যায় আক্রান্ত রোগীদের ক্ষেত্রে (ইজিএফআর ১০ মিলি/মিনিটের কম) ডোজ সমন্বয় প্রয়োজন। ৫০ বছরের বেশি বয়সী বা লিভারের সমস্যায় আক্রান্ত রোগীদের ক্ষেত্রে কোলেস্ট্যাটিক জন্ডিসের ঝুঁকি থাকায় সতর্কতার সাথে ব্যবহার করতে হবে। শিশুদের ক্ষেত্রে বয়স ও শরীরের ওজনের ওপর ভিত্তি করে ডোজ নির্ধারণ করা হয় এবং নবজাতকদের ক্ষেত্রে নিবিড় পর্যবেক্ষণ প্রয়োজন।