সাইক্লোস্পোরিন মুখ দিয়ে বা শিরার মাধ্যমে (ইনজেকশন) প্রয়োগ করা হয়। ক্যাপসুলগুলো পুরো গিলে ফেলতে হবে, গুঁড়ো করা বা চিবানো যাবে না। ওরাল সলিউশন বা তরল ওষুধটি একটি কাঁচের পাত্রে কমলা বা আপেলের রসের সাথে (গ্রেপফ্রুট জুস পরিহার করুন) মিশিয়ে সঙ্গে সঙ্গে পান করতে হবে। সামঞ্জস্য বজায় রাখার জন্য, প্রতিদিন একই সময়ে খাবারসহ অথবা খাবার ছাড়া ওষুধটি সেবন করা উচিত। যারা মুখ দিয়ে ওষুধ গ্রহণ করতে পারেন না, তাদের ক্ষেত্রে শিরার মাধ্যমে প্রয়োগ করা হয় এবং এটি ০.৯% সোডিয়াম ক্লোরাইড বা ৫% ডেক্সট্রোজের সাথে মিশিয়ে ২ থেকে ৬ ঘণ্টা ধরে ইনফিউশন হিসেবে দেওয়া হয়। ওষুধের মাত্রা নির্ধারণের জন্য থেরাপিউটিক ড্রাগ মনিটরিং অপরিহার্য, বিশেষ করে যাদের কিডনি বা লিভারের সমস্যা রয়েছে। শিশু এবং বয়স্কদের ক্ষেত্রে ওষুধের ভিন্নতর নিঃসরণ হার এবং সংবেদনশীলতার কারণে নিবিড় পর্যবেক্ষণ প্রয়োজন।