সাইক্লোফসফামাইড মুখে বা শিরার মাধ্যমে (ইনজেকশন) প্রয়োগ করা যেতে পারে। মুখে সেবনের ক্ষেত্রে, রক্তক্ষরণজনিত সিস্টাইটিস বা মূত্রথলির প্রদাহের ঝুঁকি কমাতে এবং ঘন ঘন প্রস্রাব নিশ্চিত করতে ট্যাবলেটগুলো পর্যাপ্ত পানি দিয়ে সাধারণত সকালে গ্রহণ করা উচিত; পাকস্থলীতে অস্বস্তি হলে এগুলো খাবারের সাথে সেবন করা যেতে পারে। সরাসরি ইনজেকশনের জন্য শিরার ডোজ প্রতি মিলিলিটারে ২০ মিলিগ্রাম এবং ইনফিউশনের জন্য ০.৯% সোডিয়াম ক্লোরাইড বা ৫% ডেক্সট্রোজ ব্যবহার করে প্রতি মিলিলিটারে ২ মিলিগ্রাম ঘনত্বে পাতলা করা উচিত এবং হারের ওপর নির্ভরশীল পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া প্রতিরোধে খুব ধীরে ধীরে প্রয়োগ করা উচিত। শরীরের ওজন, হেমাটোলজিক প্রতিক্রিয়া এবং ক্লিনিকাল লক্ষণের ওপর ভিত্তি করে ডোজ ব্যক্তিগতভাবে নির্ধারণ করতে হবে। রোগীদের অবশ্যই পর্যাপ্ত জলয়োজন (হাইড্রেশন) বজায় রাখতে হবে এবং একই সাথে মেসনা (mesna) ও বমি নিরোধক ওষুধের প্রয়োজন হতে পারে। রেনাল বৈকল্য বা কিডনির সমস্যা থাকা রোগীদের ক্ষেত্রে ডোজ কমানো প্রয়োজন এবং সম্ভাব্য বিষক্রিয়ার কারণে বৃদ্ধ ও শিশুদের ক্ষেত্রে নিবিড় পর্যবেক্ষণ প্রয়োজন।