পেকফ্লোক্সাসিন ট্যাবলেট হিসেবে দিনে দুবার মুখে সেবন করতে হয়, পরিপাকতন্ত্রের অস্বস্তি কমাতে এটি খাবারের সাথে বা ঠিক পরে সেবন করা ভালো। শিরায় প্রয়োগের ক্ষেত্রে, কমপক্ষে ৬০ মিনিট ধরে ধীরে ধীরে ইনফিউশন দিতে হবে, যা সাধারণত ৫% ডেক্সট্রোজের সাথে মিশ্রিত থাকে; লবণের দ্রবণ (স্যালাইন) ব্যবহার করবেন না কারণ এতে তলানি জমতে পারে। যকৃতের সমস্যা বা জন্ডিস আক্রান্ত রোগীদের ক্ষেত্রে ডোজ সমন্বয় করা প্রয়োজন, অন্যদিকে বয়স্ক এবং বৃক্কের অকার্যকারিতা রোগীদের ক্ষেত্রে সতর্কতা ও সম্ভাব্য ডোজ কমানো প্রয়োজন। সন্ধি বা জয়েন্টের সমস্যার ঝুঁকির কারণে শিশু ও কিশোর-কিশোরীদের জন্য এটি নিষিদ্ধ এবং গর্ভাবস্থায় ও স্তন্যদানকালে এটি এড়িয়ে চলা উচিত। ফটোসেনসিটিভিটি প্রতিক্রিয়া রোধ করতে রোগীদের চিকিৎসার সময় এবং চিকিৎসার পরবর্তী কয়েক দিন সরাসরি সূর্যালোক এবং অতিবেগুনি রশ্মি এড়িয়ে চলার পরামর্শ দিন।