নির্দিষ্ট লক্ষণের ওপর ভিত্তি করে মাইটোমাইসিন শিরায়, মূত্রাশয়ে (ইন্ট্রাভেসিকাল), পাইলোক্যালিসিয়াল বা চোখের উপরিভাগে (টপিকাল অফথালমিক) প্রয়োগ করা হয়। পদ্ধতিগত থেরাপির জন্য, এটি সাধারণত প্রতি ৬ থেকে ৮ সপ্তাহে একবার ১০ থেকে ২০ মিগ্রা/বর্গমিটার মাত্রায় শিরায় ইনজেকশন (ইন্ট্রাভেনাস বোলাস) হিসেবে দেওয়া হয়; মারাত্মক স্থানীয় বিষাক্ততার ঝুঁকির কারণে এটি পেশীতে (ইন্ট্রামাসকুলার) বা ত্বকের নিচে (সাবকিউটেনিয়াস) দেওয়া যাবে না। মূত্রাশয় ক্যান্সারের জন্য এটি মূত্রাশয়ে সরাসরি প্রয়োগ (ইন্ট্রাভেসিকাল ইনস্টিলেশন) করা হয়, অন্যদিকে উপরের ট্র্যাক্টের ইউরোথেলিয়াল ক্যান্সারের জন্য পাইলোক্যালিসিয়াল ইনস্টিলেশন ব্যবহৃত হয়। চোখের চিকিৎসায়, গ্লুকোমা সার্জারির সময় দুই মিনিটের জন্য অস্ত্রোপচারের স্থানে ওষুধযুক্ত স্পঞ্জ প্রয়োগ করা হয়। বৃক্কের সমস্যা (সিরাম ক্রিয়েটিনিন ১.৭ মিগ্রা/ডেসি-লিটার এর বেশি), অস্থিমজ্জার অবদমন (মায়লোসপ্রেশন) বা বয়স্ক রোগীদের ক্ষেত্রে ডোজ কমানো প্রয়োজন। ভ্রূণের বিষাক্ততার ঝুঁকির কারণে স্তন্যপান করানোর সময় এর ব্যবহার এড়িয়ে চলুন এবং প্রজনন ক্ষমতাসম্পন্ন মহিলাদের ক্ষেত্রে গর্ভাবস্থা পরীক্ষা করে নিশ্চিত হন।