ফন্ডাপারিনাক্স মূলত তলপেটের (অ্যান্টেরোল্যাটারাল বা পোস্টেরোল্যাটারাল) চর্বিযুক্ত টিস্যুতে গভীর সাবকিউটেনিয়াস ইনজেকশনের মাধ্যমে প্রয়োগ করুন এবং প্রতিদিন ইনজেকশনের স্থান পরিবর্তন করুন। এসটি-সেগমেন্ট এলিভেশন মায়োকার্ডিয়াল ইনফার্কশনের ক্ষেত্রে, প্রাথমিক ডোজটি শিরার মাধ্যমে (ইন্ট্রাভেনাস) দেওয়া যেতে পারে। ওষুধের অপচয় রোধ করতে ব্যবহারের আগে প্রি-ফিল্ড সিরিঞ্জ থেকে বাতাসের বুদবুদ বের করবেন না। সূঁচটি ত্বকের ভাঁজের মধ্যে লম্বভাবে প্রবেশ করান। গুরুতর বৃক্কের সমস্যা (ক্রিয়েটিনিন ক্লিয়ারেন্স USFDA অনুযায়ী ৩০ মিলি/মিনিট বা EMA/BNF অনুযায়ী ২০ মিলি/মিনিটের কম) থাকলে এই ওষুধটি ব্যবহার করা যাবে না এবং মাঝারি সমস্যার ক্ষেত্রে ডোজ কমিয়ে ১.৫ মিগ্রা করা প্রয়োজন। রক্তপাতের ঝুঁকি বেশি থাকায় প্রোফাইল্যাক্সিস হিসেবে ৫০ কেজির কম ওজনের রোগীদের ক্ষেত্রে এটি এড়িয়ে চলুন। অস্ত্রোপচারের পরে রক্তপাতের লক্ষণগুলো পর্যবেক্ষণ করুন এবং নিশ্চিত করুন যে প্রথম ডোজটি অস্ত্রোপচারের অন্তত ৬ থেকে ৮ ঘণ্টা পরে এবং রক্তক্ষরণ বন্ধ হওয়ার পরই দেওয়া হচ্ছে।