মিনোসাইক্লিন মুখ দিয়ে বা শিরার মাধ্যমে প্রয়োগ করা হয়। মুখের ক্যাপসুল এবং ট্যাবলেটগুলো খাবারের সাথে বা খাবার ছাড়া গ্রহণ করা যেতে পারে, তবে খাদ্যনালীর জ্বালাপোড়া কমানোর জন্য বসে বা দাঁড়িয়ে থাকা অবস্থায় এক গ্লাস পূর্ণ পানি দিয়ে সেবন করার পরামর্শ দেওয়া হয়। শিরার মাধ্যমে প্রয়োগের জন্য ওষুধটি অবশ্যই জীবাণুমুক্ত পানি দিয়ে পুনর্গঠন করতে হবে এবং ০.৯% সোডিয়াম ক্লোরাইডের মতো সামঞ্জস্যপূর্ণ দ্রবণে আরও মিশ্রিত করে ৬০ মিনিট ধরে ইনফিউশন দিতে হবে। থ্রম্বোফ্লেবিটিস এড়াতে দ্রুত প্রয়োগ পরিহার করা উচিত। গুরুতর বৃক্কের সমস্যা থাকা রোগীদের ক্ষেত্রে দৈনিক মোট ডোজ ২০০ মিলিগ্রামের বেশি হওয়া উচিত নয়। স্থায়ীভাবে দাঁতের বিবর্ণতা এবং এনামেল হাইপোপ্লাসিয়ার ঝুঁকির কারণে সাধারণত ৮ বছরের কম বয়সী শিশুদের ক্ষেত্রে এর ব্যবহার এড়িয়ে চলা হয়। দীর্ঘমেয়াদী চিকিৎসার সময় বৃক্ক এবং যকৃতের কার্যকারিতা পর্যবেক্ষণের পরামর্শ দেওয়া হয়।